公司注销清算所得税应按下列方式进行处理：一般情况下，需要就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。切尔前述的清算所得包括企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。